由于非公企业与国有企业存在着巨大差别，因此思想政治工作进入非公企业必将面临许多新的问题和矛盾。
一、需要面对政工机构基本定位的问题
　　任何工作的开展都必须依托一定的组织机构。思想政治工作是为实现党的宗旨和奋斗目标服务的，这与非公企业的工作目标和利益追求有着较大差别。仅就这一点而言，非公企业主动设立思想政治工作组织的积极性是非常小的。国有企业与非公企业对思想政治工作的需求度并不在于其生产过程或生产目的的差别，而在于其所肩负的政治、社会职能的不同。长期以来，我国国有企业不仅具有一般的经济发展职能，而且还承担着大量的办社会、办政治的职能。这是思想政治工作存在于国有企业的根本原因，也是导致政企不分的一个重要因素。那么思想政治工作进入非公企业，是否要将企业办社会、办政治这种职能强加给非公企业呢?当然不是。但是必须明确，任何企业都是在一定的社会环境中生存和发展的，企业不仅具有自身独特的经济职能，也有贯彻执行党和国家路线方针政策，维护社会稳定，教育员工的基本义务。这是思想政治工作存在于各类企业，包括进入非公企业的主要依据。我们可根据企业的规模和员工队伍状况、结构和政治面貌等，按照《党章》、《公司法》、《工会法》等规定，在非公企业中建立相应的党团组织和工会组织，通过这些组织的活动，保证思想政治工作的正常运作和积极发挥作用。
　　在非公企业建立党、团、工会组织，要有政策依据，要有群众基础，还要争取业主的支持。政工机构进入非公企业，应该有一个循序渐进的过程，首先应确保其能够进入，然后再逐步发展完善。
二、需要面对运行机制工作平台的问题
　　机制是实现工作正常运作的组织结构。有一种观点认为，许多非公企业没有政工干部，但生产经营搞得比国有企业还好，因此政工机构和政工干部并不是企业发展所必须的。这是一种片面的认识。考察当今企业及其思想政治工作发展现状，可以说没有一个企业是因为削减政工机构和政工人员而得到发展的，相反，那些思想政治工作受到削弱的企业，往往也是经济效益不好的企业。目前不少非公企业主正是认识到这一点才积极吸纳政工人员，引用国有企业思想政治工作的一些做法。这也是思想政治工作进入非公企业的一个重要原因。
　　思想政治工作在不少国有企业的退缩与向一些非公企业的渗入，这种看起来十分矛盾的现象，体现的却是同一种目的和愿望，即都希望通过在这上面做文章，使企业提高经济效益，加快发展。两者的区别在于对思想政治工作认识和判断的不同。当然，在非公企业建立思想政治工作运行机制，不需要也不可能照搬国有企业那一套做法。因为一是企业的性质不同。尽管改制后国有企业(包括国有控股企业)的生产经营和管理模式与非公企业没有太大差别，但是两者在国家经济体系中的地位及其所具有的权利、义务还是有很大不同的。二是党组织在企业中的地位不同。三是企业领导者的政治面貌不同。从总体和发展趋势上看，随着投资渠道的扩充，特别是随着境外投资者的大量增加，非公人士将是非公企业的主体。在这些企业中，党务工作和党的建设受到阻遏自然是不可避免的。
　　客观现实告诉我们，思想政治工作进入非公企业，必须将在国有企业中先建立机制，后开展工作这样一个次序倒转过来，而是先开展工作，后伺机成立相应的机制。这就决定了思想政治工作在非公企业中必须经过一个业余化、综合化的过程。在这个过程中，思想政治工作机制的建立只能是虚设性的，思想政治工作平台也将由工作时间内向工作时间外转移。这样一来，思想政治工作原来的一些固有职能，如开展理论教育等也难以体现。这就要求我们必须从职能、作用、内容、形式和结构层次等方面对非公企业思想政治工作进行分析和定位，将那些非公企业无法承担或不宜承担的事情，以及那些可以由政府和社会承担的职能剥离出来，使非公企业思想政治工作内容简单，主干突出，切实起到化解矛盾，协调关系，理顺情绪，调动积极性的作用。这样的思想政治工作不仅员工需要，企业主也是高兴的。环境和机制使得非公企业思想政治工作不得不走社会化、业余化的大政工之路。
三、需要面对角色转换的问题
　　从思想政治工作发展历史看，尽管在不同时期，任务和要求有所不同，但是思想政治工作的政治角色一直是基本的和主要的。随着社会主要矛盾的转化，特别是随着国家经济职能的凸显，思想政治工作进入非公企业，进行角色转换是十分必要的。这并不是要否定思想政治工作的存在及其作用，而是要求思想政治工作在不同领域以不同的面貌出现，其主要任务、基本原则和工作目标依然不变。这种转换实际上改变的是思想政治工作的表现形式和思想政治工作者的社会形象，是为了使非公企业主认同和支持这一工作。思想政治工作进行角色转换，包含从政治转向经济，淡化政治色彩和凸显经济职能应该是思想政治工作角色转化的基本方向；从导向转向服务，通过淡化导向角色和强化服务形象增强与企业的亲和力，获得企业主和员工的认同与支持，并在服务企业、服务员工的具体工作中将导向作用发挥出来；从教化转向文化，这一转换体现的是工作过程中是以政治教育者还是以文化传播者的角色出现的问题，后者强调的是双向交流，发挥的是潜移默化、润物无声的作用；从共性转向个性，从过去那种唯书唯上和单一政治职能模式的共性，转向突出企业特点、结合具体工作、形式多样的个性。
　　目前，企业文化在各类企业中迅速发展起来，成为企业管理的重要手段和涵盖企业两个文明建设的一种群体文化现象。企业文化与思想政治工作的关系日益密切，两者的目标定位与行为方式的差别日趋缩小，这是思想政治工作借助企业文化的形式进入非公企业的有利条件。在非公企业中，思想政治工作能否实现向企业文化角色的转化，很重要的一点就是要处理好政治文化与群体文化、主流文化与非主流文化的关系。思想政治工作进入非公企业，既要广泛吸纳企业文化中与思想政治工作相通相关的内容，又要防止把企业文化的内容等同于思想政治工作本身的做法，尤其不能通过降低政治标准或改变政治原则来迎合其所处的环境。要分清社会文化与政治文化，群体意识与主导意识之间的差别，通过文化的传播、引导和渗透，发挥政治文化和主流文化对社会文化和非主流文化的影响和改造作用，使企业文化既体现企业文明成果、满足员工文化生活需求，又丰富社会文化，促进主流意识发展。
四、需要面对方式方法创新的问题
　　思想政治工作进入非公企业已经从一种理论探讨转化为一个现实课题，能否完成好这一课题，关键在于方式方法能否切实有效地创新。严格地说这并不是一个理论问题，而是具有很强应用性和工具性的实践问题。形势的发展、任务的转移、环境的变化、实践的深入都会对思想政治工作方法提出新要求，思想政治工作方法也会在这个过程中实现自身的创新与发展。创新是加强和改进思想政治工作的活力源泉。应该说新时期思想政治工作的发展，很大程度上是通过方式方法的创新实现的，而当前思想政治工作存在的某些困难，大多也是因为创新不足所导致的。
　　在非公企业里，思想政治工作方法的创新，不仅难度大，困难多，而且效果不确切。有必要在以下方面多下功夫：积极寻找新载体，如利用厂庆、展销会或员工培训、入厂宣誓等形式，进行思想政治教育；根据非公企业特点，尤其是具体企业的实际情况，将思想政治工作责任分解落实到企业中的党团员个人身上，通过他们与员工的经常性接触，使思想政治工作在潜移默化中发挥作用；充分利用新闻媒体和社会活动开展思想政治工作；充分利用员工各种业余文化生活开展思想政治工作。